Основной задачей научного отдела является изучение естественного хода процессов в природных комплексах Алтайского заповедника. Одним из главных результатов деятельности сотрудников отдела является ежегодник «Летопись природы», содержащий полный свод наблюдений за всеми процессами в природе; ведется в Алтайском заповеднике с 1940 года. В настоящее время в научном отделе работают 6 научных сотрудников (1 ведущий, 3 старших, 1 научный сотрудник, 1 лаборант-исследователь).
Научным отделом ведутся исследования по различным направлениям, в том числе совместно с научно-исследовательскими институтами. Поле для проведения научных исследований необозримо, поскольку, из 2050 обитающих здесь видов растений более 250 относятся к алтае-саянским эндемикам, 120 — реликтовые виды. Из 136 видов растений, занесенных в Красную книгу Республики Алтай, 49 отмечены в Алтайском заповеднике, 32 из них (в том числе 9 видов лишайников) — занесены в Красную книгу России. В заповеднике обитает 16 видов рыб, 337 видов птиц, 50 из которых занесены в Красную книгу Республики Алтай, 32 — в Красную книгу России. Из 70-ти видов млекопитающих 11 занесены в Красную книгу Республики Алтай, 3 в Красную книгу России (снежный барс ирбис, горный баран аргали, северный олень (лесной подвид)), 3 - в международный красный список МСОП (снежный барс ирбис, алтайский горный баран аргали, кабарга).
В данном разделе можно ознакомиться с основными новостями научного отдела, научными отчётами, публикациями сотрудников Алтайского заповедника и электронными вариантами Летописи природы. А также с презентациями научного отдела.