Редкие виды заповедника
Алтайский заповедник входит в пятерку заповедников России, обладающих самым высоким биологическим разнообразием.
На территории Алтайского заповедника существует 1770 видов высших сосудистых растений, из которых 22 вида занесены в Красную книгу Российской Федерации:
Полушник озёрный - Isoetes lacustris L(Вид находится под угрозой исчезновения. Занесён в Красную книгу России 2008 год. Статус: 2 (V). Уязвимый вид),
Ковыль перистый - Stipa pennata L. (Красная книга Российской Федерации 2008 год, Красную книгу Монголии. Уязвимый вид. Сокращает численность популяций. Статус: 2 (V)),
Ковыль Залесского - Stipa zalesskii Wilensky(Красная книга Российской Федерации 2008 год. Статус. III категория. Редкий вид),
Кандык сибирский - Erythronium sibiricum (Fisch. et Mey ) Kryl. (Красная книга Российской Федерации 2008 год Статус. III категория. Редкий вид),
Венерин башмачек вздутый Cypripedium ventricosum Sw. (Красная книга Российской Федерации 2008 год Статус. 3 (R). Редкий вид.),
Венерин башмачок настоящий -Cypripedium calceolus L. (Красная книга Российской Федерации 2008 год Статус. 3 (R). Редкий вид.),
Венерин башмачок крупноцветковый - Cypripedium macranthon Sw. (Красная книга Российской Федерации 2008 год Статус. 3 (R). Редкий вид.),
Надбородник безлистный -Epipogium aphyllum (F.W.Schmidt) Sw. (Красная книга Российской Федерации 2008 год Статус. 4 (1). Вид с неопределенным статусом.),
Неоттианте клобучковая - Neottianthe cucullata (L.) Schecht. (Красная книга Российской Федерации 2008 год Статус. 3 (R). Редкий вид.),
Липарис Лезеля - Liparis loeselii (L.) Rich (Красная книга Российской Федерации 2008 год Статус. 3 (R). Редкий вид.),
Пальцекорник балтийский - Dactylorhiza baltica (Klinge) Orlova (Красная книга Российской Федерации 2008 год Статус. 2 (У). Уязвимый вид с неопределенным статусом.),
Ятрышник шлемоносный - Orchis militaris L. (Красная книга Российской Федерации 2008 год Статус. 3 (R). Редкий вид.),
Ревень алтайский - Rheum altaicum Losinsk. (Красная книга Российской Федерации 2008 год. Ресурсное растение, эндемик Статус: 3 (R). Редкий вид),
Борец ненайденный - Aconitum decipiens Worosch. et Anfalov (Красная книга Российской Федерации 2008 год. Статус: 2 (V). Уязвимый вид. Алтае-тувинский эндемик),
Борец Паско - Aconitum paskoi Worosch. (Красная книга Российской Федерации 2008 год. Статус. 3 (R). Редкий вид. Эндемик),
Остролодочник вздутоплодный - Oxytropis physocarpa Ledeb. (Красная книга Российской Федерации 2008 год Статус: 3 (R). Редкий вид. Эндемик Юго-Восточного Алтая и Юго-Западной Тувы),
Остролодочник чуйский - Oxytropis tschujae (Красная книга Российской Федерации 2008 год. Статус: 3 (R). Редкий вид. Алтае-Саянский Эндемик),
Зубянка сибирская Dentaria sibirica (Красная книга Российской Федерации 2008 год. Статус: 3 (R). Редкий вид. Алтае-Саянский Эндемик),
Дендрантема выемчатолстная - Dendranthema sinuatum (Красная книга Российской Федерации 2008 год. Статус: 2 (V). Уязвимый вид. Эндемик Алтая,),
Володушка Мартьянова - Bupleurum martjanovii (Красная книга Российской Федерации 2008 год. Алтае-Саянский эндемик Статус: 3 R). Редкий вид. Эндемик гор Южной Сибири),
Родиола розовая Rhodiola rosea L. (Красная книга Российской Федерации 2008 год Статус: 3 (R). Редкий вид),
Костенец алтайский Asplenium altajense (Kom.) Grub. (Красная книга Российской Федерации 2008 год. Статус. 4 (I). Вид с неопределенным статусом. Реликт третичной флоры. Палеоэндэм.).
49 видов растений занесены — в Красную книгу Республики Алтай.
Редкие виды насекомых Алтайскгого заповедника. Красная книга РФ: Голубянка Римн - Neolycaena rhymnus (Категория и статус – 2 сокращающийся в численности вид. Занесен в Красную книгу РФ 2001), Аполлон обыкновенный – Parnassius apollo ( Категория и статус – 2 сокращающийся в численности вид. Занесен в Красную книгу РФ 2001), Эребия Киндермана – Erebia Kindermanni (Категория и статус – 2 сокращающийся в численности вид. Занесен в Красную книгу РФ 2001).
Виды, отмеченные на сопредельной с заповедником территории, т.е. нахождение которых на территории заповедника возможно: Мнемозина - Parnassius mnemosyne ( Категория и статус – 2 сокращающийся в численности вид. Занесен в Красную книгу РФ 2001)
Млекопитающих на территории Алтайского заповедника обитает 73 видов. Из них два вида занесены в международную Красную книгу (МСОП) — Снежный барс – Uncia uncia, Алтайский горный баран – Ovis ammon ammon, Сибирская кабарга – Moschus moschiferus, Ману́л - лат. Otocolobus manul . В Красную книгу России занесен северный олень (лесной подвид) – Rangifer tarandus .
На территории Алтайского заповедника обитает 59 редких и исчезающих видов животных, что составляет около 52 % от всех охраняемых в Республике Алтай видов животных. В Красную книгу Республики Алтай занесены 8 видов летучих мышей, местообитанием которых является Алтайский заповедник (Усатая ночница, Ночница Брандта, Ночница Иконникова, Водяная ночница, Бурый ушан, Рыжая вечерница, Северный кожанок, Большой трубконос).
За период с 1990 по 2014 гг., на основе полевых наблюдений в различное время года, проведены мониторинговые наблюдения и инвентаризация орнитофауны заповедника, общий список птиц с момента организации Алтайского заповедника составил 337 видов, из них 184 – гнездятся; еще 13 таксонов возможно гнездятся. За последние 50 лет не встечены на гнездовье ранее гнездящиеся виды: гуменник (Anser fabalis), сапсан (Falco peregrinus), погоныш (Porzana porzana) и черноголовый хохотун (Larus ichthyaetus) [Фолитарек, Дементьев, 1938; Ирисов, 1963], а также не найдены, отмеченные ранее, три вида: белолобый гусь, синьга и дрофа [Фолитарек, Дементьев, 1938; Дулькейт, 1949]. Установлено гнездование редких видов птиц, включенных в Красную книгу Российской Федерации: степного орла (Aquila rapax), орлана-белохвоста (Haliaeetus albicilla), серого журавля (Grus grus) и журавля-красавки (Anthropoides virgo), а также большого веретенника (Limosa limosa), монгольского снегиря (Bucanes mongolicus) и седоголовой овсянки (Emberiza spodocephala); впервые в заповеднике и Республике Алтай отмечены редкие виды птиц из Красной книги Российской Федерации: кудрявый пеликан (Pelecanus crispus) и ходулочник (Himantopus himantopus). С учетом вышеуказанных сведений современный список орнитофауны составляет 331 вид. 12 вида занесены в Международную Красную книгу МСОП — Кудрявый пеликан Pelecanus crispus, Краснозобая казарка Rufibrenta ruficollis, Клоктун Anas formosa, Белоглазый нырок (чернеть) Aythya nyroca, Степной лунь Circus macrourus, Большой подорлик Aquila clanga, Могильник Aquila heliaca, Орлан-долгохвост Haliaeetus leucoryphus, Орлан-белохвост Haliaeetus albicilla, Черный гриф Aegypius monachus, Степная пустельга Falco naumanni, Дрофа Otis tarda.
23 вида занесены в Красную книгу России: Колпица Platalea leucorodia, Черный аист Ciconia nigra, Обыкновенный фламинго Phoenicopterus roseus, Черная казарка Branta bernicla hrota, Горный гусь Eulabeia indica, Скопа Pandion haliaetus, Степной орел Aquila rapax, Беркут Aquila chrysaetos, Бородач Gypaetus barbatus, Кречет Falco rusticolus, Балобан Falco cherrug, Сапсан Falco peregrinus, Красавка Anthropoides virgo, Джек или дрофа-красотка Chlamidotis undulate, Авдотка Burhinus oedicnemus, Ходулочник Himantopus himantopus, Кулик-сорока (материковый подвид) Haematopus ostralegus, Шилоклювка Recurvirostra avosetta, Большой кроншнеп Numenius arquata, Черноголовый хохотун Larus ichthyaetus, Филин Bubo bubo, Монгольский жаворонок Melancorypha mongolica, Розовый пеликан Pelecanus onocrotalus.
Полный список представителей флоры и фауны Алтайского заповедника