В настоящее время Алтайский заповедник взаимодействует с семью клубами друзей Алтайского заповедника.

• Клуб друзей Алтайского заповедника "Дети озера" - (МОУ «Иогачская СОШ», с. Иогач). Руководитель - Неверова Светлана Владимировна.
• Клуб друзей Алтайского заповедника "Заповедный дозор" - (МОУ «Яйлинская ООШ», с. Яйлю). Руководители - Веселовский Евгений Дмитриевич, Лотова Нина Владимировна.
• Эколого-волонтерский клуб «Озеро чудес» - (г. Горно-Алтайск). Клуб друзей Алтайского и Тигирекского заповедников. Руководитель - Романова Елена Олеговна.
• Клуб друзей Алтайского заповедника "Золотые горы – Алтын туу" - (МБОУ "Гимназия №9 "Гармония" г.Горно-Алтайска"). Руководитель - Панченко Лидия Ивановна.
• Клуб друзей Алтайского заповедника "Хранители Алтая" - (АУ ДО РА «Республиканский центр дополнительного образования» детский технопарк «Кванториум-04», г. Горно-Алтайск). Руководитель - Малкова Анастасия Николаевна.
• Экологический клуб «Берендеи» - (МБОУ «СОШ № 12 г.Горно-Алтайска). Руководитель - Фролова  Ирина Валентиновна. 
• Экологический клуб АЙУЧАК - (МБОУ «СОШ № 12 г. Горно-Алтайска). Руководитель - Каратунов Вадим Михайлович.